Alle 12:18, una bomba terroristica esplode in un garage del World Trade Center di New York City, lasciando un cratere largo 60 piedi e causando il crollo di diversi pavimenti in cemento armato in acciaio nelle vicinanze dell'esplosione. Sebbene la bomba terroristica non abbia danneggiato gravemente la struttura principale dei grattacieli, sei persone sono state uccise e oltre 1.000 sono rimaste ferite. Lo stesso World Trade Center ha subito danni per oltre $ 500 milioni. Dopo l'attacco, le autorità hanno evacuato 50.000 persone dagli edifici, centinaia delle quali soffrivano di inalazione di fumo. L'evacuazione è durata tutto il pomeriggio.
Le autorità cittadine e il Federal Bureau of Investigation (FBI) hanno intrapreso una massiccia caccia all'uomo per sospetti, e in pochi giorni sono stati arrestati diversi fondamentalisti islamici radicali. Nel marzo 1994, Mohammed Salameh, Ahmad Ajaj, Nidal Ayyad e Mahmoud Abouhalima sono stati condannati da una giuria federale per il loro ruolo nei bombardamenti, e ciascuno è stato condannato all'ergastolo. Salameh, un palestinese, è stato arrestato quando è andato a recuperare il deposito di $ 400 che aveva lasciato per il furgone a noleggio Ryder utilizzato nell'attacco. Ajaj e Ayyad, che entrambi hanno avuto un ruolo nella costruzione della bomba, sono stati arrestati poco dopo. Abouhalima, che ha contribuito a comprare e mescolare gli esplosivi, è fuggito in Arabia Saudita ma è stato catturato in Egitto due settimane dopo.
La mente dell'attacco Ramzi Ahmed Yousef rimase in piedi fino al febbraio 1995, quando fu arrestato in Pakistan. Era stato in precedenza nelle Filippine e in un computer che ha lasciato sono stati trovati piani terroristici che includevano un complotto per uccidere Papa Giovanni Paolo II e un piano per bombardare 15 aerei di linea americani in 48 ore. Durante il volo di ritorno negli Stati Uniti, secondo quanto riferito Yousef ha ammesso a un agente dei servizi segreti di aver diretto l'attacco al Trade Center sin dall'inizio e ha persino affermato di aver preparato la miccia che ha fatto esplodere la bomba da 1.200 libbre. Il suo unico rimpianto, secondo l'agente citato da Yousef, era che la torre di 110 piani non era crollata nel suo gemello come previsto da una catastrofe che avrebbe causato migliaia di morti.
Eyad Ismoil, che guidò il furgone Ryder nel garage sotto il World Trade Center, fu catturato in Giordania quell'anno e riportato a New York. Tutti gli uomini implicati avevano legami con lo sceicco Omar Abdel Rahman, un leader religioso egiziano radicale che operava fuori da Jersey City, nel New Jersey, situato proprio di fronte al fiume Hudson da Manhattan. Nel 1995, Rahman e 10 seguaci furono condannati per aver cospirato per far saltare in aria il quartier generale delle Nazioni Unite e altri monumenti di New York. I pubblici ministeri hanno sostenuto che l'attacco al World Trade Center faceva parte di quella cospirazione, sebbene siano state presentate poche prove chiare di questa accusa.
Nel novembre 1997, Yousef e Ismoil furono condannati in un'aula di tribunale a pochi isolati dalle torri gemelle e successivamente condannati all'ergastolo senza possibilità di libertà vigilata. Solo un altro uomo ritenuto direttamente coinvolto nell'attacco, l'iracheno Abdul Rahman Yasin, rimane in libertà.
Dopo gli attentati del 1998 contro le ambasciate statunitensi in Kenya e in Tanzania, gli investigatori statunitensi iniziarono a sospettare che Yousef avesse legami con l'esilio saudita Osama bin Laden, capo dell'anti-USA. rete terroristica di al Qaeda. Non è stato accertato se bin Laden fosse effettivamente coinvolto negli attacchi della Twin Tower del 1993, ma l'11 settembre 2019 due gruppi di terroristi di al Qaeda hanno terminato il lavoro iniziato da Yousef, facendo schiantare due aerei di linea dirottati nella torre nord e sud della Centro mondiale del commercio.
L'acciaio strutturale dei grattacieli non è stato in grado di resistere al tremendo calore generato dal combustibile che bruciava il getto, ed entrambi sono crollati entro due ore dall'impatto. Circa 3.000 persone sono morte nel World Trade Center e nelle sue vicinanze, tra cui 343 vigili del fuoco e 23 poliziotti che stavano lottando per completare l'evacuazione e salvare gli impiegati intrappolati ai piani superiori. Sono sopravvissute solo sei persone nelle torri del World Trade Center al momento del loro crollo. Quasi 10.000 altre persone sono state curate per lesioni, molte gravi.
